故事发生在钟之音学园中,数百年来,这所学园都只允许女性踏足,是男性们的禁地,但随着时代的发展和进步,人们的观念也在发生着变化,终于,钟之音学园打开了校门,开始招收男性学生,这一消息让整天都和同性待在一起的女生们不禁兴奋满满,对于究竟是怎样的人将成为她们的同僚感到十分好奇。、 高崎佑介(武内健 配音)是第一批进入学校就读的学生之一,然而他却并不是女孩子们所想象的那样文质彬彬,正相反,他有着非常不堪的黑历史!高崎的出现带给了千岁绿(中山真奈美 配音)不一样的感觉,这种奇异的感觉源自几千年前的一个传说。
从人类的思想和感情诞生的「e-脉冲」,被作为AI辅助装置「辅助蛋」的能量源被运用。在社会获得显著发展的背后,恐怖的怪物出现了。吞食e-脉冲进化的生命体「数码兽」。
普通的高中生·宗平被卷入了克拉科吉亚公国与格拉尼亚共和国之间的战争,格拉尼亚派了杀手来取他的性命,而宗平则不得不和作为他的护卫而来的鲁特中尉以及哈鲁卡少尉一起度日……