四个情同手足的乌龟少年一直生活在隐秘的下水道中，在师父（成龙 配音）的训练下，他们成为了功夫高超的“忍者神龟”，渴望被人类接纳的四小只，在人类朋友艾普的帮助下，开始追踪一个神秘的犯罪集团，但随着一支强大变种生物军队的降临，同样属于变种生物的忍者神龟们知道，这下大麻烦来了……
当代代相传的家族诅咒将亚历克斯·范德霍文变成石头时，他的两个孩子潘多拉和拉斯以及他的妻子斯基要把祖先偷走的文物归还给他们的合法家园，最终彻底解除诅咒。
