故事发生在南宋末年，郭靖（张智霖饰）和杨康（罗嘉良饰）分别是郭家和杨家最后的传人，郭靖生长于大漠之中，受高人指点研习武艺，为人忠厚正直，而杨康则被金人完颜洪烈（王伟饰）收养，成为了太子。某日，郭靖南下，结识了名为黄蓉（朱茵饰）的伶俐女子，随着时间的推移，两人之间情愫渐生，渐渐走到了一起。与此同时，郭靖更得到了北丐洪七公（刘丹饰）和周伯通（黎耀祥饰）的指点，分别习得了江湖失传已久的降龙十八掌及九阴真经。一次意外中，杨康得知了完颜洪烈正是自己的杀父仇人，然而，在利益的驱使下，他认贼作父，更联合邪恶的西毒欧阳锋（朱铁和饰），企图从郭靖手上夺取武林秘籍。
《神勇CID》乃是著墨於警务人员与黑社会的大斗法，透过故事道出正与邪、善与恶的意义。故事首先交付二十年前刘炳坚与贾锡年运私货，刘炳坚被捕，在外国服刑，留下子女三人给贾锡年抚养。身任沙展的刘振辉乃刘炳坚之二子，因女友马思敏被毒贩企图枪杀，遵致失忆，悲痛之馀，决心追查主谋。另一方面，刘振辉之同事程进与江宝华自小青梅竹马，但因程进过於大男人主义，故而江宝华便转爱刘振辉，三个本为同僚的好友，遂牵涉进一段复杂的三角恋爱漩涡里。与此同时，贾鍚年之子贾若龙欲独揽黑帮大权，与黑帮头子张雄之情妇易海伦搭上关系，被张雄发现，含恨在心，而贾锡年知子不肖，大加责骂。 贾若龙在此情势下，为假装清白，遂娶了刘振辉之妹丽琼为妻，婚后依然与易海伦私会，刘振辉不满，常代妹出头，引起多次冲突。贾若龙野心勃勃，要进一步获得黑帮势力，便利用失意的程进达成目的，但在最后关头，程进协助刘振辉，将贾若龙绳之以法；而刘振辉与江宝华的感情亦日益成熟，一对有情人终能成眷属。
