故事发生在虚构的未来世界，彼时，人类因为疏忽和大意而失去了制海权，海洋，成为了人们可望而不可即的所在，盘踞在那里的，是一股名为“深海栖舰”的强大势力。为了同这股势力抗争，一群名为“舰娘”的女孩子们出现了，在她们的体内，栖息着舰艇之魂，亦是明日呢化身成为各式各样的战舰，为了人类的和平做着不懈的努力。平日里，舰娘们在名为“镇守府”的大本营里进行日常生活和训练，某日，一位名叫吹雪（上坂堇配音）的活泼女孩出现在了大家的面前，初来乍到的她踌躇满志，热情满满地加入了舰队的新生活中去，在这里，充满了精彩和刺激的日常就此展开。
時は大正───浪漫の香り満ち、人々の心、いまだ情け知る。眉難高校に通う、雲仙、酸ヶ湯、卯花、長万部、阿蘇は“何にもしない部”・地球防衛部の部室でダラダラ過ごしながら、学生寮・黒玉寮で共に生活をするごく普通（？）の男子学生。ある日5人が黒玉寮で朝風呂していると、湯船の中になにやらヌルっと動くものが。やっとの事で捕まえると、それはしゃべるマヌルネコ・ヌルだった！遠い遠い未来から重大な使命を帯び、地球に滅亡の危機が迫っていることを伝えに来たというヌル。守りたい…この地球をと言いながらも、自分は危機を知らせにきただけで地球のために戦うかどうかは自由意志で……5人で決めてほしいという。これって責任逃れじゃない…？怪しむ防衛部たち。「どっちでもいいなら俺はやるぜ！そっちの方がハイカラだからな！」と張り切る雲仙。自由な心で自ら戦うと決めた5人をヌルは猫科学でハイカラ浪漫団に変身させるのだった。その一方…暗躍する謎の3人組・蛮華羅新鋭隊（ばんからしんえいたい）。地球征服を企む輩だった。
