袭击了二十世纪的地球的前所未有的大灾害·落星雨。在这场大灾害之下,世界多数的都市遭到毁灭。但,从陨石中发现的未知元素——万应素,让人类的科学技术加速发展,终於诞生出被称作“星脉世代”的、拥有特异之力的新人类。世界最大的综合战斗娱乐项目“星武祭”的舞台,由六所学院包围、通称为六芒星的水上学园都市“六花”。转学到星导馆学园高等部的特待生·天雾绫斗,为了实现自己的愿望,而发誓在这个都市中战斗。
在《剧场版物怪:唐伞》的激烈对决后不久,卖药郎(神谷浩史配音)再次现身,这次他来到了大奥的内庭。先前事件过后,这里正经历一场动荡。出身名门的女子大友牡丹(户松遥配音)接替歌山成为新任总管,并开始推行一种严谨而平衡的领导方式。这种高压政策逐渐加剧了她与曾受天皇(入野自由配音)宠幸的资深花魁富贵(日笠阳子配音)之间的关系日益紧张,两人之间的裂痕日益加深。天皇的妻子有希子皇后(种崎敦美配音)所生的皇子即将选定监护人,一场突如其来的事件却彻底颠覆了富贵的命运。她产下了一个被视为“不祥之子”的婴儿,被年长重臣大友(堀内贤雄配音)视为威胁,从而成为一场权谋阴谋的目标。在男权体制编织的权力之网中,利益冲突与掩盖真相的手段迅速失控。与此同时,奇怪的事件接连发生,人们无故自燃,瞬间化为灰烬。卖药郎怀疑是物怪作祟,展开调查。然而,他所面对的,是一种神秘而不断变化的群体性威胁。这个物怪的真实身份,正是火鼠(日根住配音)之子。他们不仅攻击人类,还似乎在寻找自己的母亲,然而,这位“母亲”始终不肯现身。火鼠为何专门针对那些伤害新生儿之人?又是什么样的悲剧,让她悲痛至极、自焚不止?卖药郎深入大奥之中,揭开层层黑暗,追寻斩除物怪所需的三大要素:“形”、“真”与“理”,誓要揭示真相,平息灾祸。
故事发生在遥远的未来,彼时,地球已经被人类所制造的污染破坏殆尽,更有污染产生了邪恶怪兽横行占领了人类的生存空间。无奈之下,人类只能移居到了拥有独立意识的“自律型移动都市”之中,而这些都市之间,则为了争夺少之又少的资源而展开了激烈的争斗。 在学院都市洁儿尼中发生了一场骚乱,刚刚入学就读于普通教育系的新生雷冯(冈本信彦 配音)在混乱之中展现了自己出色的应变和战斗的能力,因此被学生会长发掘,转入了武技系,更获得了加入都市护卫第十七小队的资格。外冷内热沉默寡言的菲丽、恪尽职守坚韧强悍的妮娜、个性轻浮但十分可靠的夏尼德,这些奋战在前线的伙伴们,为了守护他们赖以生存的都市,甘愿付出血的代价。