袭击了二十世纪的地球的前所未有的大灾害·落星雨。在这场大灾害之下，世界多数的都市遭到毁灭。但，从陨石中发现的未知元素——万应素，让人类的科学技术加速发展，终於诞生出被称作“星脉世代”的、拥有特异之力的新人类。世界最大的综合战斗娱乐项目“星武祭”的舞台，由六所学院包围、通称为六芒星的水上学园都市“六花”。转学到星导馆学园高等部的特待生·天雾绫斗，为了实现自己的愿望，而发誓在这个都市中战斗。
在《剧场版物怪：唐伞》的激烈对决后不久，卖药郎（神谷浩史配音）再次现身，这次他来到了大奥的内庭。先前事件过后，这里正经历一场动荡。出身名门的女子大友牡丹（户松遥配音）接替歌山成为新任总管，并开始推行一种严谨而平衡的领导方式。这种高压政策逐渐加剧了她与曾受天皇（入野自由配音）宠幸的资深花魁富贵（日笠阳子配音）之间的关系日益紧张，两人之间的裂痕日益加深。天皇的妻子有希子皇后（种崎敦美配音）所生的皇子即将选定监护人，一场突如其来的事件却彻底颠覆了富贵的命运。她产下了一个被视为“不祥之子”的婴儿，被年长重臣大友（堀内贤雄配音）视为威胁，从而成为一场权谋阴谋的目标。在男权体制编织的权力之网中，利益冲突与掩盖真相的手段迅速失控。与此同时，奇怪的事件接连发生，人们无故自燃，瞬间化为灰烬。卖药郎怀疑是物怪作祟，展开调查。然而，他所面对的，是一种神秘而不断变化的群体性威胁。这个物怪的真实身份，正是火鼠（日根住配音）之子。他们不仅攻击人类，还似乎在寻找自己的母亲，然而，这位“母亲”始终不肯现身。火鼠为何专门针对那些伤害新生儿之人？又是什么样的悲剧，让她悲痛至极、自焚不止？卖药郎深入大奥之中，揭开层层黑暗，追寻斩除物怪所需的三大要素：“形”、“真”与“理”，誓要揭示真相，平息灾祸。
故事发生在遥远的未来，彼时，地球已经被人类所制造的污染破坏殆尽，更有污染产生了邪恶怪兽横行占领了人类的生存空间。无奈之下，人类只能移居到了拥有独立意识的“自律型移动都市”之中，而这些都市之间，则为了争夺少之又少的资源而展开了激烈的争斗。 在学院都市洁儿尼中发生了一场骚乱，刚刚入学就读于普通教育系的新生雷冯（冈本信彦 配音）在混乱之中展现了自己出色的应变和战斗的能力，因此被学生会长发掘，转入了武技系，更获得了加入都市护卫第十七小队的资格。外冷内热沉默寡言的菲丽、恪尽职守坚韧强悍的妮娜、个性轻浮但十分可靠的夏尼德，这些奋战在前线的伙伴们，为了守护他们赖以生存的都市，甘愿付出血的代价。
