故事发生在一年战争期间，正和初代高达的故事平行。到地球战线赴任的年轻联邦军官斯罗·亚玛达，在一次偶然的交火中，结识了敌人、也就是吉恩军的女驾驶员爱娜·萨哈林。这一对互相抱有好意的年轻人，因为正属于敌对的两方，所以不得不互相战斗，在战争中苦苦维持自己的感情；另一方面，斯罗和他所带领的、第08MS小队的队员们，也在不断的战斗中逐步培养起友谊和信赖。
1555年，时为战国时代。 有位青年怀抱着远大的梦想，被人称作大傻瓜的他正是后来的织田信长。 有一位仰慕着青年的少女，被信长的梦想所吸引的她笑着说道“我要成为信长大人的忍者！” 目标只有一个，那就是天下布武！
卡里奥斯特罗，一个位于欧洲人口只有3500人的小国家，却是世界上最逼真的伪钞——山羊之钞的发源地。其伪钞之真，连鲁邦三世这样的大盗都险些被其蒙蔽。鲁邦和伙伴旅行至此，恰巧遇见正被一伙暴徒追赶的美丽少女克拉丽斯。鲁邦出手相救，却从少女遗留下的戒指上若有所悟。原来是多年前鲁邦曾来此寻找过山羊之钞的下落，并在此结识还是孩童的克拉丽斯及其身为大公的父亲。如今物是人非，七年前的一场大火烧毁了大公的城堡，克拉丽斯的父母皆在大火中身亡。孤苦伶仃的克拉丽斯无依无靠，而摄政王卡里奥斯特罗伯爵则逼迫少女与之成亲。鲁邦决定从伯爵手中救出女孩，同时探究戒指背后所隐藏的关于宝藏的秘密……
省吾達の帰還から数百年が経った時代。人々はコンピューターシステムに支配された街「エデンシティ」で暮らしていた。それは、かつての人類の過ちを繰り返さない為に取られた手段だった。しかし、その支配を嫌ったレジスタンスによる反攻作戦が開始される。 そして明らかになった支配者ウォン・ダイの正体は、あの矢作省吾だった。地球に帰還した際、彼を7Gのオペレーターと認めなかったクリエーター達は、バーチャルではなく人間であるオリジナル・イヴと彼との接触を恐れ、システムの操り人形ウォン・ダイと化してしまったのだった。 省吾はその支配から開放された直後、後を本作の主人公であるエイジ・タカナカに託して死んでしまう。それを知ったイヴは単身、A.D.A.M.へ向かう。人々を救う為……。
世界的崩溃开始了。 暴走的大缅因猫兽吸收了黑暗进化的迪路兽、 用强大的力量进化成了秩序兽。 根据世界树的想法，现实世界将被数码世界所吞噬。 在绝望迫近的时候，被选中的孩子们拼命地向前。 现在太一不在了，能代替他带队的只有大 和。 「为了拯救世界，我们还有必须要做的事情！」 加布兽的话给大和带来了活力，而亚古兽则坚信太一定会回来。 另一方面，恒常性要处置失去控制的秩序兽、 并尝试施行干涉现实世界的最终计划。 为了阻止毁灭的到来，被选召的孩子们和他们的搭档拼命地战斗。 「所有的光芒，都汇聚在了缅因猫兽…」 绝望的迪路兽向大家说到。 孩子们做出最后决定的时候到了。 被选中的孩子们，自己将选择怎样的未来？ 现在，冒险将再一次进化。
机械化帝国是一个不重视生命的机械帝国，首领是机械神，以攻占星球并把其机械化为已任。而除了地球，包括月球在内，整个太阳系已被机械化了。峰崎拳一，立花浩美和朝冈忍子春风校园六年级生。就在他们回校参加开业礼时，机械化帝国的第一机械王齿车王开始攻击地球。就在峰崎拳一等人快要受袭，守卫地球的艾度兰打开一个时空裂缝，三人回到六千四百万年前的世界。这时光之人艾度兰已经差不多耗尽所有能量，于是他把三只恐龙型机械交给他们。这次保护地球对抗机械化帝国的重任，就落在春风校园六年二组身上了。由于齿车王多次失败，失去机械神的信任，最后一战更被新机械王电气王所杀。电气王乘坐机械神所给予的黑色战神对抗哥修罗，强调力量的他，经常利用军事武器变成机械兽，在某次战役受重伤，与黑色战神同化，但最后也战死。
OVA第1卷收录的是《羞晒し编》。《羞晒し编》是PS2游戏《寒蝉鸣泣之时 祭》初回限定版附赠的小说，同样由龙骑士07执笔，曾改编成Drama CD，这是该小说第一次动画化。该篇以市民游泳池为舞台，与作品主旋律大相径庭，是一部气氛轻松活跃的故事，主要角色均在此篇登场。
真壁政宗（花江夏树 配音）小时候是个小胖子，被同班同学取了“猪脚”的绰号，整日生活在自卑和嘲笑之中，之后，政宗转校，同时接受了为期八年的训练，终于恢复了正常人的身材，亦意外的发现自己其实拥有一副帅气的面孔。如今，政宗回到了曾经生活过的城市，满腔怒火的他制定了一系列报复计 划，发誓要让当年给他取绰号的女孩安达垣爱姬（大桥彩香 配音）体会一下他曾经体会过的屈辱。 和政宗有着相似经历的千金大小姐藤之宫宁子（三森铃子 配音）、沉默寡言内向腹黑的小岩井吉乃（水濑祈 配音）、沉迷于耽美文化的腐女子双叶妙（田所梓 配音），在这些可爱女孩子们的围绕下，政宗的复仇计划能够顺利实施吗？
故事以前作《科学小飞侠Crowds》的后续剧情展开。距离“立川事件”已经过了一年，当初贝尔库·卡切赋予尔乃美家累的力量“CROWDS”在日本首相菅山的推广之下已在人类社会当中广泛普及。然而仍然存在着对此感到不满的人们，此时菅山遭到不明人士的袭击，GATCHAMAN的全新战斗就此揭开序幕。
本片由三段互无关联的故事组成。《她的回忆》：2092年，由伊瓦诺夫领导的太空垃圾回收飞船在返航途中接收到来自“宇宙坟场”的求救信号，特殊的是，信号中掺杂着歌剧《蝴蝶夫人》的唱段。队员汉兹与米格尔前往施救，却进入了一位歌剧演员艾娃的回忆，这些栩栩如生的回忆场景对船员们产生了威胁；《最臭兵器》：供职于制药公司的小职员田中信男拖着病体赶回公司，无意中服用了公司与军方合作的实验药品。自此信男成为了制造致命臭气的肉身工厂，对此毫不自知的信男却按照上司命令将药品样本送往东京总部，一路上引起大面积恐慌，军方不得不派出大批军队半路截杀信男；《大炮之街》：在一座由蒸汽驱动的城市中，一家三口展开了一天的生活。母亲去制造炮弹的工厂上班，父亲在炮台担任装填手，小儿子在学校里学习与大炮相关的知识。炮台不停开炮，但敌人的身影却始终没有出现……
在遥远的神话时代，冥王哈迪斯曾率领108冥斗士向人类世界发起攻击，智慧女神雅典娜则率圣斗士们奋起迎敌。连番苦战之后，哈迪斯及其军团战败，他们全部被雅典娜封印，而圣斗士也几乎损伤殆尽。 数千年后，女神的封印失去效力，古塔中的冥斗士又重新蠢蠢欲动。复活后的哈迪斯及其冥斗士将魔爪伸向圣域。连番恶战，圣域几近毁灭。参透阿赖耶识的处女座圣斗士沙加和女神雅典娜以活体闯入冥界。青铜5人组以女神之血修复业已破损的圣衣，随后闯入潘多拉城。 战场移到黑暗的冥界，一场绵亘了数千年的正邪大战就此展开……
BDDVD各巻收录的特典动画短片,内容尺度较大。 巻数BDDVD発売日 12012年3月21日 22012年4月25日 32012年5月23日 42012年6月27日 52012年7月25日 62012年8月29日 映像特典 BDDVD各巻に収録の石 踏一榮完全監修の短編アニメ。 話数サブタイトル 1妄想爆揺解除オリジナルビデオVol.1 〜海水浴、行きます〜 2妄想爆揺解除オリジナルビデオVol.2 〜朱乃先輩、個人修行ですわ〜 3妄想爆揺解除オリジナルビデオVol.3 〜小猫、ちょっと大胆……にゃん〜 4妄想爆揺解除オリジナルビデオVol.4 〜ドレスブレイク、誕生秘話〜 5妄想爆揺解除オリジナルビデオVol.5 〜うどん、作ります!〜 6妄想爆揺解除オリジナルビデオVol.6 〜アーシア、変身します!〜
